Уште од средното училиште нè учат дека бојата на очите се наследува од родителите, и тоа со комбинација од доминантни гени. Така, родителите со светли очи имаат деца со светли очи. Меѓутоа, не е секогаш така едноставно.

Бојата на очи може да се наследи на два начини. Според првиот, бојата се одредува според доминантен или рецесивен алел - темната боја е одредена од доминантниот, а светлата од рецесивниот. Според оваа теорија, родителите со светли очи не може да имаат деца со темни очи.

Овој модел не е сосема точен. Имено, родителите со светли очи може да имаат деца со темни очи. Се работи за полигенското наследување, односно бојата на очите се одредува од повеќе гени во кои некои имаат поголем, а некои помал ефект на пигментот кој ја одредува бојата.


Во секој случај, најодговорни за бојата на очите се само два гени: EYCL3, кој ја одредува кафената (доминантен алел) или сината (рецесивен алел) боја на очи и EYCL1, одговорен за зелената (доминантен алел) и сината боја (рецесивен алел). Доминантниот алел за кафени очи доминира над сите други алели. Доминантниот алел за зелени очи доминира над сите освен кафените.